通常肛瘘不会自愈，一旦确诊应当积极给予手术切除，通过手术可以彻底根治。根据肛瘘瘘管位置高低选择不同手术方式，可以行瘘管切开术，在骶管麻醉或局麻下行手术治疗将瘘管全部切除、开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合，适用于低位肛瘘治疗。高位肛瘘可以行切开挂线治疗，利用橡皮筋切割作用，缓慢切开肛瘘，可以在骶管麻醉或腰麻下进行。术后需要每日坐浴及便后坐浴，使创面清洁，养成良好卫生习惯。
预防肛瘘形成包括以下几点：
1、便后与睡前应用温水坐浴清洁肛门，经常保持肛门干燥与清洁，预防肛瘘与其它疾病发生；
2、预防便秘与腹泻，保持大便通畅；
3、每天定时排便，养成良好排便规律；
4、少食辛辣刺激性较强食物，节制饮酒，平衡饮食，多食富含粗纤维食物，多食用水果与蔬菜，养成良好生活习惯；
5、在日常生活、工作中尽量避免久坐，适当增加活动，预防肛瘘疾病发生；
6、对于原发性疾病需要进行积极治疗，例如糖尿病患者需要对症治疗血糖，控制血糖水平，缓解并发症发展；
7、日常生活与工作中，如有肛门不适或下坠症状应及时就医，做到早发现、早确诊、早治疗。
