盐酸帕罗西汀片的副作用常见有胃肠道的不适，如恶心、厌食、腹泻等，也可出现头痛、不安、乏力、嗜睡、失眠、头昏等。少数不良反应可有过敏性的皮疹及性功能减退。突然停药可见撤药综合征，如失眠、焦虑、恶心、呕吐、胃肠胀气，还有乏力、性功能障碍，如阳痿、性欲下降等。
有报道服用帕罗西汀片后会产生短暂的血压改变，这种情况多发生于有潜在高血压或焦虑患者。但少有心动过速的报道，也曾有发生意识障碍、肝功能异常、异常出血，多为淤血后紫癜、血小板减少的少量报道。多数不良反应强度、频率随着患者用药的时间而降低，通常不影响治疗。需要定期抽血化验、心电图检查、长期重大评估用药物副作用。
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