磁共振是一项安全无创的检查技术，没有副作用。但也有研究表明，磁共振是把人体置于高场强的环境中，也许会对人体产生发热的作用，但在实际工作中没有遇到患者在行核磁共振检查时出现体内发热的现象。每次检查时都会提醒患者，如果出现任何不适或者不良反应，应及时告知核磁共振检查技师，以便进行临时紧急处置。
做任何检查之前患者先会考虑到这项检查技术对人体的副作用有哪些，说明患者安全意识有很大提高。
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