萎缩性胃炎在内镜下有明显的黏膜变薄，可清晰地看到黏膜下血管，通常描述为黏膜红白相间、以白为主，黏膜下血管可以透见。此外，还包括肠上皮化生的病理学改变，在普通胃镜下，肠化黏膜上皮通常表现为增生样改变。
除普通胃镜检查外，在NBI(内镜窄带成像术)及放大内镜下(染色内镜)检查时，在NBI下会呈现典型的亮蓝嵴改变。而萎缩性胃炎在内镜下有相对特异的表现，但其表现与病理学的最后诊断并非100%吻合，医生需在萎缩比较严重的部位取活检，如胃窦、胃角、胃体等部位取活检，帮助确诊慢性萎缩性胃炎，同时也有助于判断萎缩的范围。
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