女性或男性感染艾滋病病毒后，在临床表现上并无差别，基本都会经历急性期、无症状期及艾滋病期三个阶段。
急性期反应在感染病毒2～4周后出现，症状类似于一般流感，以发热最为常见，同时有头痛、咽痛、关节痛、肌肉痛、恶心、呕吐、全身不适、疲乏无力、皮疹及淋巴结肿大等，急性反应一般于1～3周后消失。
随后进入无症状期，平均持续8～9年，最后阶段是艾滋病发作期，会出现多种艾滋病相关症状（持续发热、不明原因体重减轻、全身弥漫性淋巴结肿大等）以及各种机会感染和肿瘤。
另外虽然艾滋病是一种性传播疾病，但是在急性期和潜伏期，感染者性器官不会出现任何异常，从外观上无法辨别其是否感染了艾滋病病毒。
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