不论是病毒性脑炎、细菌性脑炎还是化脓性脑炎以及自身免疫性脑炎，对儿童的神经功能影响都比较大，所以儿童往往会出现一些后遗症的情况。临床康复治疗的方法有两大类，一类是现代医学康复，也就是西医康复，还有一类是传统医学康复，也就是中医康复。现代康复方法有运动疗法、作业疗法、言语训练、感觉行为的干预和听视力的治疗，西医康复中还包括理疗康复。传统中医康复的方法也有很多，包括针灸、推拿、拔罐、刮痧等。
后遗症往往表现在三个方面，分别为智力障碍、运动障碍以及神经行为和言语障碍，出现后遗症时，一定要到正规的儿童康复机构进行康复治疗。不论是传统医学康复还是现代医学康复，对儿童神经功能的恢复都能够起到有效的治疗作用，对儿童将来的预后、生活和学习都会有比较好的治疗效果。
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