基底动脉分支包括小脑上动脉、大脑后动脉等支配小脑、脑干和枕叶的血管，当这些血管发生堵塞时，应采取积极的静脉溶栓，静脉溶栓是首选的治疗方法，也是最安全有效的方法，如果通过溶栓能够恢复正常的脑血流，则患者可在24h内恢复正常的神经功能。在溶栓的同时应积极做好血管内治疗的准备，因为静脉溶栓对于大血管堵塞的有效率是比较低的，血管内治疗包括支架取栓以及内膜剥脱术，最常用的治疗手段是支架加血栓取出。除溶栓和血管内治疗外，还应给予抗血小板、稳定斑块、保护神经细胞，以及活血化瘀等药物治疗。
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