对于腹泻的药物治疗有很多，如沙星类的抗生素、肠黏膜吸附剂、黄连素和微生态的制剂以调节肠道菌群，不同的病患应当选择合适的药物治疗。
常用的止泻剂，如蒙脱石散，商品名为思密达，很安全，大人小孩都可以使用；抗生素常用的有黄连素、复方新诺明、诺氟沙星、环丙沙星，对引起肠道炎症的常见细菌如菌痢、沙门菌、产毒性大肠杆菌、螺杆菌等均有明显的抑制作用；还可以通过口服乳酶生或微生态制剂，如双歧三联活菌胶囊来治疗。对于与精神压力相关的腹泻，常常是肠易激综合症，还可以口服匹维溴铵。腹泻症状严重的还应当补充大量的淡盐水，必要时服用口服补液盐。
成人腹泻推荐使用黄连素或诺氟沙星，小儿腹泻推荐使用蒙脱石散。应当注意饮食卫生、腹部保暖，预防腹泻的发生。
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