肝癌最重要的升高指标是甲胎蛋白，甲胎蛋白是肝细胞癌特异性比较强的肿瘤标志物。这种蛋白主要是在人体胎儿时期，在母亲的肚子里，幼年的肝细胞和卵黄囊合成，一旦出生以后，甲胎蛋白就快速下降。成人的血清中甲胎蛋白非常低，因为正常细胞不太分泌这种蛋白。
肝细胞癌的癌细胞具有一些原始性，又会重新开始分泌蛋白，所以作为原发性肝癌的特异性诊断标志物，甲胎蛋白往往会出现升高。除此之外，铁蛋白在很多肝癌中也会升高，但是铁蛋白的特异性不强，很多其他的疾病也会有异常。如果肝癌导致肝功能受损，像肝脏的转氨酶等等，肝功能的指标也都会出现升高的异常。
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