引起新生儿呼吸困难的常见原因有肺部疾病、中枢神经系统的疾病，以及新生儿全身感染。其中以新生儿肺部疾病最常见，新生儿肺部疾病常见的有新生儿感染性的肺炎、新生儿气胸、新生儿膈疝、早产儿急性呼吸窘迫综合征以及新生儿湿肺等等。
引起新生儿呼吸困难的中枢神经系统的疾病有新生儿缺氧缺血性脑病，以及新生儿颅内感染等，都可以引起新生儿叹气样的呼吸。新生儿败血症可以导致新生儿发生低氧血症，新生儿在代偿的过程中可以出现心率增快和呼吸困难的表现。总之，新生儿出现呼吸困难是一种异常的现象，要及时就诊，针对原发病进行积极治疗。
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