治疗小关节紊乱的办法主要是保守治疗，保守治疗包括姿势矫正，手法推拿和功能练习等。
小关节综合征可由外伤引起，例如颈部的颈部受伤。异常姿势会使脊柱组织（包括小关节）过载，并导致这些关节发炎和疼痛。更常见的是，颈椎、胸椎和腰椎的退行性变化可导致异常的压力和紧张，这导致小关节上的载荷增加。最后造成小关节的紊乱问题。对于小关节综合征，大多数保守治疗，通过休息、放松肌肉等纠正小关节紊乱。也可通过手法有经验的医生推拿按摩，起到立竿见影的效果。治疗通常与一系列抗炎药物相结合，以减少炎症。
当保守治疗无效时，使用类固醇药物进行小关节注射可以减少小关节疼痛。这可以使用X射线引导安全地进行，这能很好地找到紊乱关节，进行安全的注射药物。这种药物注射到小关节周围能很好地消除炎症，治疗疼痛不适。
如果通过注射暂时改善或解决小关节疼痛，可以建议进一步的治疗选择，这就是手术治疗了。例如射频消融。这类微创的治疗措施，能帮助消除导致小关节紊乱的各种不利因素，恢复小关节周围正常的状态。
对于小关节紊乱的治疗注意首先进行保守治疗的办法，在保守治疗不能发挥作用后才选择手术。
