导致儿童久咳不愈最常见的两种疾病是支原体的感染和咳嗽变异性哮喘，临床可完善支原体抗体、胸片、肺功能、支气管舒张试验、过敏原的检查。如果患者的支原体抗体在近期出现四倍以上升高，考虑为近期支原体的感染，需要使用抗支原体的药物进行治疗，例如大环内酯类的阿奇霉素、红霉素、罗红霉素等等。如果患者是由于咳嗽变异性哮喘而导致的久咳，平常应该避免接触容易过敏的物质，例如动物的皮毛或者是花粉，可口服白三烯调节剂，例如孟鲁斯特钠，还有吸入支气管舒张剂以及糖皮质激素，例如布地奈德福莫特罗、沙美特罗替卡松等等。
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