脑囊虫与脑肿瘤都为颅内的占位性病变，患者都可以出现颅内压增高和相应的定位体征等一系列表现，在临床上有时需特别注意予以鉴别。脑囊虫患者常可以有身体体表部位的囊虫等病史，进行大便检查，可以发现大便中有绦虫，或者是在进行体格检查时，发现有皮下结节。在临床表现上，患者多以癫痫为首发症状，可以出现精神症状以及颅内压增高的表现。除此之外，再进行血和脑脊液囊虫补体检查试验时，多有特征性的表现，在CT和磁共振检查上也可以予以鉴别。
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