输精管结扎术常见并发症是出血和感染，局部出血严重可能需清除血肿，也有些感染较严重，要局部清除感染组织。
少见的一些并发症，也是较严重并发症，具体如下：
1、结扎后输精管局部再通，因为输精管再通，而出现再次怀孕。这种情况跟多种原因有关，感染可引起输精管原结扎部位没问题，但其它部位出现破损，输精管断端连接在一起。也可能出现线结脱落，输精管断端重新连接，会出现再次怀孕；
2、输精管精子淤积症，结扎后精子不能排出，淤积在附睾，正常情况下精子被身体吸收，不会产生疼痛，但有部分人因精子淤积在局部，出现持续性疼痛，甚至持续几十年。处理方法是行显微镜下精索去神经手术，大部分病人通过这种方法能解决疼痛。但特别强调，输精管结扎术后6个月建议戴避孕套进行性生活，因有残留精子在输精管道内，未完全排出时会引起怀孕。
