原发性肝癌目前确切的分子机制尚不清楚，认为其病因应该是多因素、多步骤的一个复杂过程，受环境和饮食的双重因素的影响。常见的病因如乙肝、丙肝的感染，黄曲霉素、饮水的污染、酒精肝、肝硬化、自身免疫性肝病、长期服用一些亚硝胺类的物质、微量元素等，都与肝癌的发病有所相关。
总的过程就是这些病因在长期的过程中引起了肝细胞的坏死、增生，以及肝细胞的异常突变，从而出现癌变，导致肿瘤的发生。所以有这些高危因素的患者一定要注意密切的随访复查，及时的改善生活习惯以及饮食，对相应的病因给予治疗、抑制，才能够有效的减少原发性肝癌发生的概率。
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