甲状腺微波消融总体而言是微创手术，甚至是超微创手术，但是也不可避免会有并发症的发生：
1、声音嘶哑：是甲状腺热消融治疗过程中经常遇到的问题，可以分为3种类型，第一是快速的、短暂的声音嘶哑，基本上都是由局麻药利多卡因导致，在手术中很快就会发生，但是随着利多卡因的代谢，通常在20-30分钟左右，声音嘶哑可明显缓解，来得快去得也快；
2、粘连性声音嘶哑：在手术当中不会出现，而是在手术后第3-7天左右开始发生，之后大概会持续将近3个月，然后自动恢复，主要是因为消融手术区有炎性渗出物，且不以医生和患者的个人意志而转移，渗出物出来以后，就像胶水一样，会把甲状腺的包膜和喉返神经或者是喉上神经的外侧支粘连在一起，粘连以后由于外界机械力的影响，会对神经的电传导产生一定程度的妨碍，进而影响咽缩肌或者是声带的运动，导致声音嘶哑。但是随着粘连的缓解，通常在3个月的时候，声音嘶哑可自动解除；
3、烫伤性神经嘶哑：微波针直接把神经烫伤，从而导致长期，甚至永久的声音嘶哑。但在临床工作中，几乎不会发生，因为现在有非常可靠、确切的保护措施；
4、出血：手术当中用的是金属针具，在超声引导下，可以有效规避明显的血管，然而极其微小的血管当甲状腺肿瘤被消融以后，血管床发生重构，原来没有开放的血管，现在消融以后，会马上开放，如果不小心碰到这些血管，可以引起出血，通常出血量不会很大，通过手指压迫可以止住血，但是也有出血比较大的血管破裂口，需要在术中紧急处理，用微波针对破裂口进行热凝固，同样可以达到有效的止血。通常患者离开手术室之前，会用超声反复、仔细检查是否有出血，绝对不可以让有出血隐患的人离开手术室，甚至离开医院；
5、甲状腺功能指标的波动：在消融以后甲状腺功能指标的波动比较常见，因为消融手术当中，甲状腺激素可以通过穿刺针的针道，短时间集中释放入血，从而导致甲状腺T3、T4功能指标一过性增高。其次，甲状腺里面的球蛋白和过氧化物酶，可以通过穿刺针进入到血液，引起相应抗体的增高。但是，所有指标的异常波动，最终都不需要辅助干预，会经过一段时间自动恢复到正常范围之内，所以对这样的功能指标的波动，并不认为是一种并发症，而是机体自我调节的表现；
6、消融区发生快速的液化、破裂，最终在颈部形成类似于脓肿的改变。实际上甲状腺肿瘤的微波消融是绝对的无菌手术，而脓肿样的改变并不是真正意义上的脓肿，根本不是由细菌感染引起，而是由于消融区的组织在短时间内炎症过程非常剧烈。因为消融区的坏死组织通过炎症的过程，激活了体内的免疫细胞和炎症细胞，最终使得炎症细胞汇聚到消融区，把它吞噬、清除，所以炎症过程是无菌的过程，是必然要发生的过程，有一部分人发生得比较剧烈、比较迅速，坏死的物质来不及被清除掉，最终就在原有的部位形成了液化，类似于脓肿样的东西，如果不能及时排出，会引起皮肤的红肿，甚至破溃。
