脑炎治疗时间跟致病病原种类、严重程度相关。如果是常见病毒感染，单纯疱疹病毒感染的病毒性脑炎，通常的疗程是两周到二十一天。
脑炎治疗需要通过复查腰穿，看脑脊液中白细胞减少的情况来决定疗程长短。细菌性脑膜炎也如此，使用对病原菌有针对性的抗生素，两周之后要复查腰穿，根据腰穿脑脊液白细胞的数量，来决定是否延长抗生素的治疗。对于隐球菌感染的脑炎，治疗疗程要比较长，除了静脉使用抗真菌药物之外，甚至还要鞘内注射，疗程可能会长达一两个月。不同病原菌所致脑炎，治疗时间长短不一样，需查明病因针对治疗。
患者要及时调整饮食结构，宜清淡饮食，适度增加营养，保证肉蛋奶供应，减少熬夜时间，注意个人卫生，通过增强体质切断病毒感染途径。
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