慢性肠胃炎使用三联疗法、山莨菪碱、蒙脱石散、四联活菌素片等药物能够帮助改善病情。一部分人患有慢性肠胃炎，是因为胃内有幽门螺杆菌感染导致，这些人需要根除幽门螺杆菌，在治疗上可以使用阿莫西林、克林霉素、奥美拉唑药物进行治疗。这些药物能够杀灭幽门螺旋杆菌，同时抑制胃酸的分泌，因此有助于避免疾病反复发作。当慢性肠胃炎的患者，是以腹部剧烈疼痛为主要表现时，可以使用解痉止痛的药物治疗，比如山莨菪碱。这种药物可以抑制乙酰胆碱的释放，解除平滑肌痉挛，并且对消化系统的副作用比较少。不少慢性肠胃炎在发病期间，是以腹泻为主要表现，这些人需要使用蒙脱石散进行止泻治疗。慢性肠胃炎的患者大多数会伴随有肠道菌群失衡，在调节肠道菌群失衡上可以使用四联活菌素片。当肠道菌群平衡得到改善，功能逐渐恢复之后，肠胃炎反复发作也就会逐渐减少。
