很多病人关心的医生麻药失效后醒过来胃镜还在做，这时又要受苦，这是对麻醉过程不太了解的表现。在做无痛胃镜时，用药以后会入睡，用的是全身麻醉药，入睡以后医生并不会离开，还会守在患者身边，而且胃镜操作一般时间比较短，在十分钟之内，有些特殊情况做胃镜操作会延长，比如取个活检等操作，这并不需要担心，医生会估算麻药大致失效时间，在全麻药失效前通过静脉追加麻醉药物，一般会隔几分钟追加一次。
大多数情况下希望操作医生在半个小时内完成整个胃镜操作，因为半个小时这用药量可以得到比较好的控制，超过半个小时可能不良反应发生率会有增加。即使操作时间大大延长，医生会在旁边监护准确评估病人，必要时会改变麻醉方式。
做无痛胃镜并不需要担心，医生可以不断通过静脉通路追加药物。如果做普通胃镜，胃镜医生也会让先含一口麻醉药，这麻醉药里含的是局部麻醉药，起表面麻醉作用，局部麻药喝下去后主要是咽喉部麻醉作用，持续时间会比较长，即使做完胃镜以后，可能还会有咽喉部不适感觉。
