莫沙必利的不良反应主要表现为腹泻、腹痛、口干、皮疹、倦怠、头晕等，偶见患者出现嗜酸性粒细胞增多、甘油三酯升高，以及谷草转氨酶、谷丙转氨酶、碱性磷酸酶、谷氨酰转肽酶的升高。
莫沙必利属于选择性5-羟色胺受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠道而发挥促动力作用，从而改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但不会影响胃酸的分泌。此药与大脑神经细胞突触膜上的多巴胺D2受体、肾上腺素α1受体、5-羟色胺1受体及5-羟色胺2受体，无亲和作用，故不会引起椎体外系综合征及心血管不良反应。此药属于处方药，在医生指导下合理使用还是比较安全的，但不可以擅自更改用药剂量和疗程。
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