益生菌有助于改善便秘，是治疗便秘的方法之一。某些便秘患者，其结肠菌群可消化更多纤维，使得粪便量减少，因此通过口服益生菌，改善肠道菌群之后，可以使肠道菌群，不要消化那么多纤维，可在一定程度上改善便秘。但有些病人，不是因为肠道菌群紊乱所造成，而是因为肠道蠕动过于缓慢，或者排便反射过于迟钝所造成，所以可能需要结合其他药物治疗，包括促动力剂，比方莫沙必利等等，这一类药物可以通过刺激胃肠道收缩，加速胃肠道排空治疗便秘。其他的包括缓泻剂，主要通过增加大便水分、软化大便，促进排便、缓解便秘情况，包括甲基纤维素、聚乙二醇、乳果糖等等。
