神经内科的疾病种类繁多，最常见的是脑血管病，占所有神经内科门诊和住院病人总数60%以上。脑血管病主要包括脑出血和脑梗死，脑出血包括蛛网膜下腔出血、脑室出血以及脑实质内出血。其次常见的是炎症与免疫性疾病，常见的是中枢神经系统感染，包括病毒性脑膜炎、病毒性脑炎，结核性脑膜炎，还有比较少见的螺旋体感染，比如梅毒螺旋体性脑炎，以及艾滋病脑炎，还有朊蛋白病，以及隐球菌脑膜炎等。
免疫性脑炎最常见与自身免疫性脑炎、副肿瘤综合征导致的边缘叶脑炎等。还有变性疾病，最常见的是老年痴呆，学名阿尔茨海默病，还有帕金森病，包括运动神经元病，最常见的是群众熟知的渐冻症，又称肌萎缩侧索硬化症。还有癫痫、重症肌无力、多发性肌炎、进行性肌营养不良，也是神经内科比较常见的疾病。
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