透明隔囊肿出现头痛的患者，囊肿内是由于液体所构成的。如果囊肿的体积小、头痛的症状比较轻微，患者可以口服布洛芬或者乐松片等止痛的药物进行治疗，并且定期观察，定期做头部CT以及头部磁共振影像学检查，观察囊肿的大小。如果患者囊肿的体积变大导致头痛的症状加重，还影响了脑部的脑脊液循环，出现脑积水的现象，这时需要手术治疗。采取的术式是内镜下囊肿-脑室造瘘术，手术创伤性比较小、安全性好、疗效也比较好，建议患者可以做此项手术治疗。
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