小儿脑炎后遗症引起的吞咽困难、吞咽障碍，是因为脑炎引起缺血、缺氧，使迷走神经主干损伤造成咽喉的感觉障碍和肌肉瘫痪，进一步导致吞咽困难、饮水发呛。由于病变部位有几对神经同时受累，因此吞咽困难的治疗较为棘手。根据病人的临床表现，采取特殊的治疗方法是把修复脑细胞的药物注射到引起吞咽困难的神经走行部位，配合综合康复治疗、吞咽机的运用，临床上对于儿童的早期吞咽困难、饮水发呛效果较好。一个1岁的小宝宝患脑炎后，出现吞咽困难、饮水发呛，住院时戴着鼻饲管，每一次只能喝30ml奶，并采用5ml的注射器打进去，经过半个月的治疗鼻饲管可以拔掉，采取综合康复后两个月可以完全恢复。
