胆总管结石
胆总管结石是胆道梗阻最常见的原因。临床表现为胆绞痛、梗阻性黄疸、胆管炎或胆源性胰腺炎。ERCP诊断胆总管结石的敏感度及特异度超过95％。目前在专家手中，ERCP乳头括约肌切开取石成功率大于90％，总的并发症的发生率5％，死亡率小于1％，均优于手术治疗。在选择性胆管插管失败时，可行预切开术，但其并发症的发生率要高于常规方法。除乳头括约肌切开外，另外可选择胆道括约肌气囊扩张。一些特殊病例，如凝血异常、ERC术后胰腺炎高危人群等，可选择气囊扩张。取出结石通常选择气囊或网篮，大结石或顿结石，取石较困难，可以选择机械碎石。取石不成功，应置入胆道支架或鼻胆引流管引流。
良恶性胆道狭窄
ERCP可用于恶性胆道梗阻的诊断和治疗，活检、刷检和超声内镜介导下穿刺均可提供组织学诊断，但总的敏感度不高于62％。ERCP也用于胆道良性梗阻、胆道先天性异常及手术后并发症的诊断治疗，包括肝移植后胆系并发症。对于胆管狭窄可行内镜下扩张及支架引流治疗。置入胆道支架可为良恶性胆道梗阻提供有效引流，其中金属支架畅通时间是塑料支架的2倍，而且成本效益比更好。金属支架适用于预期生存时间较长、无远处转移及塑料支架开通时间短的病人。胆道支架也有助于术后胆道狭窄及胆瘘的治疗。
Oddi氏括约肌功能障碍
Oddi氏括约肌功能障碍表现与胆道疾病或胰腺疾病类似。90％以上患者括约肌切开后疼痛消失。一些研究认为括约肌切开有益，但尚未得到公认，应进一步研究;Oddi氏括约肌功能障碍患者ERCP后并发症发生率高，临床上应谨慎。
慢性胰腺炎
ERCP行胰管造影，对有症状的胰管结石、胰管狭窄和假性囊肿可行镜下治疗。胰管狭窄通过扩张和支架治疗可得到有效的治疗，对于慢性阻塞性胰腺炎腹痛患者首选内镜治疗，只有内镜治疗无效或复发的病例可考虑采用手术治疗。慢性胰腺炎患者顿的胰管结石可诱发腹痛和急性胰腺炎，因为胰管狭窄，胰管括约肌切开取石较困难，往往需要体外震波碎石后再尝试内镜下取石 。
胰瘘
胰管破裂或胰瘘多由急性胰腺炎、慢性胰腺炎、胰腺外伤及手术损伤造成。胰瘘可出现胰源性腹水、假性囊肿形成或二者同时存在。胰管支架已成为胰瘘的常用的治疗方法。大部分严重的胰管损伤可置入桥样支架以重建正常的胰管引流。
胰腺囊肿
ERCP可用于诊断治疗胰腺液体积聚，包括急性假性囊肿、慢性假性囊肿及胰腺坏死。与胰管相通的液体积聚可经乳头治疗，不通者可经胃或十二指肠引流。EUS可用来穿刺前定位，以避开血管。 与胰管相通的液体积聚包括胰尾部的囊肿，可由经乳头放置胰管支架。经胃或十二指肠假性囊肿引流，虽然技术要求较高，但技术熟练的医师成功率仍大于80％。假性囊肿引流的并发症包括胰腺炎、出血、穿孔及感染。
