睡眠不足造成的头疼症状，可能是由于睡眠不足，造成大脑神经递质分泌紊乱、植物神经功能紊乱，而引发的头痛。这时应先调整睡眠，可服用安眠药物改善睡眠时间、睡眠质量，头痛即可缓解。同时可加用放松头皮肌肉的药物，包括巴氯芬、乙哌立松，从而改善头痛症状。
若患者由于睡眠不足导致偏头痛发作，则可以用氟桂利嗪来扩张血管、改善症状。另外，睡眠不足会造成免疫力下降，患者易发生病毒感染，也会引起头痛，需通过缓解神经痛的药物进行治疗，如加巴喷丁、普瑞巴林，可以改善神经痛。严重的病毒感染可使用抗病毒药物，如阿昔洛韦、伐昔洛韦等改善症状。
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