红霉素眼膏属于外用的抗菌药物眼膏剂，偶见眼睛疼痛，视力改变，持续性发红或刺激感等过敏反应，多数较轻微或为一过性，而发生全身症状较为罕见，但是仍有可能导致大疱性表皮松解型药疹、全身性药疹、过敏性休克等严重不良反应，应该引起临床医务人员的重视。
红霉素眼膏虽然属于局部用药，没有口服制剂及注射制剂常见的消化道反应。但长期大面积使用，也会因为吸收大量的红霉素进入血液，引起口服或注射制剂的不良反应，如：恶心呕吐等消化道反应、肝功能损害、可逆性神经性耳聋等。
由于抗菌药物的滥用，红霉素的耐药率特别高，对于葡萄球菌属的总体耐药率达到78.11%，对于肺炎链球菌的耐药率接近100%。因此，不能长期使用，也不能频繁的用于皮肤及软组织感染，否则会引起皮肤正常细菌耐药，导致治疗失败。
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