病毒性脑炎患者一般在住院期间控制好病毒感染，病毒感染症状会消失。但是对于后续的症状和功能的改善，可能需要营养神经的药物和康复训练，半年左右的时间会形成新的神经环路，替代因为病毒性脑炎造成的功能障碍，改善大部分症状。所以，一般需要半年左右的时间，可以完全恢复。
有一部分患者半年后还不能恢复，这种情况称为后遗症，后遗症患者可以有记忆功能下降、痴呆的症状、癫痫发作，还有一些患者会出现脑积水的症状，因为病毒性脑炎造成的脑脊液流通障碍，而出现脑积水、颅内压增高的症状。
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