盐酸小檗碱上市后的不良反应报告显示，此药在医生的指导下合理使用比较安全。患者大都耐受性良好，不良反应较少，偶有患者出现恶心、呕吐、轻度腹部或胃部不适、便秘、腹泻等消化道不良反应，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。如果情况严重，请去医院就诊。
出现胃肠道不良反应的患者，以及平时脾胃功能较弱的患者，可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率。有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。有遗传性葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症的儿童禁止使用，此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。
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