庆大霉素属于氨基糖苷类抗生素，这类药物最突出的副作用是耳毒性和肾毒性。耳毒性可能出现听力减退、耳鸣等症状，肾毒性可能出现血尿、肌酐升高、肾功能受损，在服药后任何时间都可能发生。所以庆大霉素使用需要慎之又慎，一定要在医生跟药师监护下使用。
特别交代病人，一旦出现耳鸣、血尿或者出现皮疹，一定要第一时间告诉医生和药师，针对不良反应做出及时处理。在最近研究中发现，庆大霉素的耳毒性跟基因突变有关，有一定遗传特质。有些儿童在病情需要下使用庆大霉素，建议提前做遗传筛查，如果不含有特定突变，使用庆大霉素安全性较大。
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