立普妥最常见的副作用为胃肠道不适，其他还可以有头痛、皮疹、头晕、视觉模糊和味觉障碍等。可以引起血氨基转移酶可逆性的升高，因此立普妥用药期间需要监测肝功能。少见的不良反应有阳痿、失眠。罕见的不良反应，有肌炎、肌痛、横纹肌溶解等，表现为肌肉疼痛、乏力、发烧，并伴有肌酸磷酸激酶升高，肌红蛋白尿等。横纹肌溶解可以导致急性肾功能衰竭。立普妥与免疫抑制剂、叶酸衍生物、烟酸、红霉素等合用可增加肌病发生的风险。
