不同尿路感染的治疗疗程不尽相同，恢复时间不相同。急性膀胱炎一般采取抗菌药3天，治疗有效，5-7天可完全恢复。急性肾盂肾炎比较复杂，在选择有效抗菌药后，常规剂量得2周疗程，如果给药后症状在48-72小时内无明显好转，要及时更换其它有效药物治疗。疗程结束后5-7天复查尿菌，如果仍为阳性，则换另一种有效抗菌药治疗，治疗仍为2周，然后再做尿菌复查，直至尿菌转阴。
慢性肾盂肾炎根据药敏谱治疗时间也得2周，停药1周后复查，如果尿菌仍为阳性，可另选有效药物治疗2周。如果经三个疗程，症状虽减轻，但尿菌仍阳性者，可改用抑菌疗法。抑菌疗法是选择有效抗菌药治疗3-6个月，必要时可服1年。部分较轻急性膀胱炎可通过中药完全治愈，中医药在治疗慢性泌尿系感染中有较重要地位。
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