肛周脓肿未形成时，肛门部炎症初期还是炎性包块时，可以先用药物治疗。药物治疗可能会有效果，可以控制炎症发展，使用抗普通细菌的抗生素联合抗厌氧菌的抗生素，同时可以给予局部外敷抗生素软膏。
肛周脓肿是发生于肛门、肛管和直肠周围的急性化脓感染性疾病，属于细菌感染。肠道细菌进入肛窦，致其发炎堵塞肛腺开口，致肛腺液流出受阻，引起肛腺感染，感染通过肌间隙、淋巴管蔓延至肛周间隙，最后形成肛周脓肿，这个病情发展需要一个过程，肛周脓肿一旦形成，药物治疗就没有效果了。
脓肿是否形成，可以通过肛门指诊是否有波动感，或者超声检查、磁共振检查是否看见液性暗区判断。肛周脓肿一旦形成，治疗就没有太多选择，治愈的方法只有手术，而且越早越好，早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛周脓肿可获得治愈。
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