桥本甲状腺炎是不能自愈的，桥本甲状腺炎属于自身免疫性甲状腺炎。
桥本甲状腺炎患者的甲状腺过氧化物酶抗体和抗甲状腺球蛋白抗体都具有固定补体和细胞毒作用，它参与甲状腺细胞的损伤，直接导致甲状腺细胞的凋亡，还有桥本甲状腺炎浸润的T淋巴细胞和B细胞表达释放细胞因子，会导致甲状腺细胞凋亡。
最终桥本甲状腺炎多数会出现甲状腺功能减退症。
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