血栓心脉宁按其说明书没有明显的副作用，但是作为中成药，主要作用就是活血化瘀、降脂抗凝，主要用于脑梗、冠心病、心绞痛等，因此是降低血液粘稠度、抗血小板聚集的。
服药时一定要注意是否有出血倾向，如皮肤出血、牙出血、黑便等。同时本身是中成药，因此其药的成分包括水蛭等，对身体也有一定的毒性作用，不宜长期服用，否则对肝、肾会有一定的损害。作为中成药，长期服用可能会存在农药物残留、重金属等因素，都会造成身体一定的毒性作用。同时中成药也存在着生产工艺的问题，都将影响患者的长期的安全。因此，副作用不是十分明显，但是不建议长期服用。
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