心肌损伤通常可以恢复到正常状态，因为心肌炎通常属于自限性或自愈性疾病，普通型或轻型的心肌炎患者经过一段时间后，心脏可以完全恢复正常。甚至急性期重症心肌炎，多数患者的心脏也可以完全得到修复。另外，新型冠状病毒肺炎、SARS，或甲流引起的病毒性肺炎，也可以引起心脏损伤，但随着患者的原发病完全治愈，心脏损伤常可以恢复正常。
但若心肌损伤的患者原发病较严重，在心肌损伤的急性期，心肌细胞的受损范围、数量较大，也可能会遗留对心脏的长期损害，如心脏功能下降、心脏传导系统出现问题。部分心肌炎患者在度过急性期后，可能会遗留有心率过慢、传导阻滞的问题，或在数年后出现心脏扩大，甚至心力衰竭等表现。
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