巴雷特食管主要指的是食管下段的上皮被柱状上皮覆盖，因为正常的食管上皮为扁平复层上皮，由于胃食管反流性疾病导致食管黏膜反复受到胃酸以及酸性胃内容物的刺激，使得食管黏膜遭到损害。在食管黏膜的修复过程中会出现鳞状上皮化生，但是这种鳞状上皮则被柱状上皮所替代，这种情况叫做巴雷特食管。
另外，巴雷特食管可能还与先天性的发育有关，即在胚胎的时候食管黏膜的上皮就是柱状上皮。巴雷特食管没有不适的症状，胃食管反流的时候则会出现烧心、反酸、嗳气等不适症状。巴雷特食管有发展为食管癌的可能，所以有巴雷特食管的人群是食管癌高危人群应做定期筛查。
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