室间隔缺损的治疗方式是通过介入或者外科手术，将室间隔缺损做封堵或者修补。对于基部小室间隔缺损可以采用介入封堵治疗，对于不适合做介入封堵的室间隔缺损，也就是绝大部分的室间隔缺损，目前外科手术仍然是最明智的选择。
外科手术可以采用正中切口、右侧腋窝下小切口等手术入路进行，在体外循环的支持下进行心内支持修补。目前常用的修补材料包括自体心包、牛心包、涤纶补片等，将上述材料裁剪成相应大小的补片后，用缝线将布片缝补在室间隔上，从而对室间隔缺损进行修补。
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