上颌骨囊肿可根据组织来源和发病的部位而分类。
由成牙组织或者是牙齿原因引发的，称为牙源性颌骨囊肿。
由胚胎时期面突融合障碍，或者残余上皮所致的面裂囊肿称为非牙源性的颌骨囊肿。
牙源性颌骨囊肿包括根端囊肿、始基囊肿、含牙囊肿和角化囊肿。
面裂囊肿包括球上颌囊肿、鼻腭囊肿、正中囊肿和鼻唇囊肿。
临床表现包括颌骨的隆起和牙龈的隆起。
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