慢性乙型肝炎的抗病毒治疗，目前有干扰素和核苷类似物的选择。核苷类似物虽然使用方便，且在一定时期内能较好的抑制HBV的复制，从而抑制慢性乙型肝炎病情的进展，但由于其HbeAg血清转换率低，短期治疗停药后常导致病毒复制的复发，长时间应用可产生病毒耐药变异等缺陷，因此，干扰素仍为慢性乙型肝炎抗病毒治疗的选择有一定优势的药物，特别是PEG-IFN。
慢性丙型肝炎治疗的目标获得持续病毒应答。干扰素在慢性丙型肝炎的抗病毒治疗与抗慢性乙肝病毒不同，因为HCV在胞浆内复制，干扰素诱导的细胞内抗病毒蛋白机制病毒复制的作用要强于乙型肝炎病毒，但病毒的清除仍依赖于细胞病毒复制的抑制和特异性免疫对病毒感染细胞的清除。只有细胞内抗病毒作用而细胞免疫功能不足，则与核苷类似物治疗慢性乙型肝炎相似，停药后复发，而只有细胞免疫应答没有细胞内病毒复制的抑制，复制的病毒可以重新感染其他细胞，则使病毒感染细胞很难清除，因此，在慢性丙型肝炎的抗病毒治疗中，干扰素在无禁忌的情况下必须联合利巴韦林，因为利巴韦林可以增强细胞免疫，在治疗中通过降低复发率而提高持续病毒应答，在慢性丙型肝炎的抗病毒治疗治疗中，PEG-IFN 联合利巴韦林是当前的标准治疗方法。
