在进行常规体检或肺部存在疾病时，应进行CT检查。因为肺部多数为含气囊腔，且肺泡以及支气管内也存在空气，对含气组织进行磁共振检查的分辨效率较低，但进行CT检查时，能够分辨肺部的生理性结构以及病理性变化，如高分辨CT、增强CT等。
部分情况下也可以进行磁共振检查，如怀疑两肺之间即纵隔脏器存在疾病，尤其大血管疾病，也可以进行磁共振检查。磁共振检查也有助于区分纵隔及血管的病变，但多数情况下，CT检查的分辨率更好。
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