抗甲状腺药物的不良反应主要有以下几个方面：
第一、肝功能受损，如果患者在服用抗甲状腺药物以后发生肝功能异常，或者是肝功能异常加重应该考虑是抗甲状腺药物的不良反应，如果转氨酶持续的上升或者是转氨酶大于三倍参考值上限，需要考虑停药。其中丙硫氧嘧啶主要的可以引起肝细胞的损伤，甲巯咪唑肝细胞损伤比较罕见，主要是胆汁淤积。
第二、不良反应就是外周血的白细胞减少，如患者在用药以后白细胞出现逐步下降的趋势，应该考虑停药，在用药期间嘱患者一定要注意出现咽痛、发热要及时就诊，避免出现粒细胞缺乏症。
第三、抗甲状腺药物还可引起过敏性的皮疹，少见的不良反应可以见于PTU引起的小血管炎。
