细菌性肝脓肿主要感染途径有三个，首先是胆道，细菌可以沿着胆管上行，是目前引起细菌性肝脓肿的主要原因，可以见于胆道蛔虫、胆管结石所造成的化脓性胆管炎。
其次还可以见于肝动脉和门静脉。
前者是由于化脓性病变，比如说中耳炎、骨髓炎侵入肝动脉引起的；后者主要是见于坏疽性阑尾炎，细菌性痢疾等。
最后开放性肝损伤时，细菌可以直接通过开放性的伤口侵入肝脏，从而引起肝脓肿形成。
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