肠胃炎的治疗，要针对病情给予控制胃肠内外感染、胃肠黏膜保护剂和微生态制剂等药物。如果是细菌感染，抗菌消炎药可选用黄连素、氟哌酸等，可以给予蒙脱石散保护胃肠黏膜，同时给予金双歧、整肠生等微生态制剂调节肠道菌群，抑制肠道有害细菌生长，达到止泻的作用。腹痛严重者，可给予阿托品、山莨菪碱等来缓解症状。
急性肠胃炎患者多表现为恶心、呕吐及腹泻，每天3-5次，甚至数10次不等，大便多呈水样，可有腹部绞痛、发热、全身酸痛等症状，严重者可导致脱水、电解质紊乱等等，上吐下泻除了流失水分，还流失电解质，所以在给予药物治疗的同时，鼓励患者进食清淡、易消化的流质或半流质饮食，如米汤、粥、果汁等等，饮食比较差的患者最好喝一些补液盐，同时避免辛辣、油腻和生冷食物的摄入，少食多餐，避免暴饮暴食。
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