经皮肾镜与输尿管软镜取石均属于肾结石治疗技术，如何选择主要取决于结石的大小、部位等因素。二者处理结石的适应症不同，若肾结石直径＞2cm，考虑行经皮肾镜进行处理，若结石直径＜2cm或肾下盏结石直径＜1.5cm，考虑行输尿管软镜进行处理。在碎石的效率上，经皮肾镜取石效率更高且术后残留结石的概率更小。而在创伤方面，输尿管软镜的伤口更小。
目前由于输尿管软镜的碎石效率不断提高，部分医生开始将输尿管软镜应用于直径＞2cm的肾结石治疗，也存在一定的疗效。但多数情况下，经输尿管软镜处理结石需进行分析，且治疗的价格相对昂贵。另外，应用经皮肾镜与输尿管软镜均可能导致并发症，其中经皮肾镜的主要并发症是感染与出血，而输尿管软镜的主要并发症是感染以及输尿管损伤。
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