胃肠胀气症的发病机制很复杂：一、食物代谢与微生态的异常，消化道气体的量和组成成分，与进食微生态代谢密切相关，正常状态下氮气为消化道气体最主要的成分，但小肠细菌过度生长或乳糖不耐受的患者，在进食之后氢气、氧气、二氧化碳和甲烷、含硫气体的含量大量增加，且脏器患者体内消耗氢气的细菌数量减少，腐败菌发酵产生的气体成分，在黏膜局部或经过血液途径，影响肠自主神经系统对运动、分泌和感觉的调控，影响肠黏膜神经内分泌细胞的功能和分泌的节律性，导致脑肠肽分泌和功能紊乱。二、消化道感觉动力异常，腹胀胃肠道动力减弱，且小肠近端区域对气体较敏感，造成气体滞留和腹胀症状，进食脂肪和蛋白质类食物也可导致肠道活动减慢，感觉阈值降低。由于肠运动功能失调，气体在通过时受阻，而致肠平滑肌过度伸展引起腹痛、腹胀症状。肠收缩减弱造成肠内容物推进变慢，使肠内细菌过度生长，发酵产生的有害气体又影响消化道动力，各因素之间相互作用使症状进一步恶化。三、精神心理因素，流行病学研究发现抑郁、失眠、心理压力和酗酒的胀气、腹鸣的发生率较高，但其具体机制尚待研究，可能与脑肠轴作用、神经内分泌紊乱相关。
