牛黄甲硝唑主要用于急性智齿冠周炎、局部牙槽脓肿、牙髓炎、根尖周炎等，用药后患者出现最严重的副作用，是高剂量可能会引起癫痫发作和周围神经病变，后者主要表现为肢端麻木和感觉异常。某些患者长期用药时，可产生持续性的周围神经病变，还有可能会引起其他的副作用，包括胃肠道症状，如恶心、食欲减退、呕吐、腹泻、腹部不适、味觉改变，以及口干、口腔金属味等。
还有可能引起可逆性粒细胞减少，过敏症状如皮疹、荨麻疹、瘙痒等，还有可能出现神经系统的副作用，如头痛、头晕、晕厥、感觉异常、肢体麻木、共济失调和精神错乱等，还有可能引起发热、阴道念珠菌感染、膀胱炎、排尿困难、尿液颜色发黑等，这些属于可逆性，停药之后自行恢复。在用药期间一定要注意观察，有任何不适症状及时就诊。
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