不同致病菌导致的肺炎，治疗的药物也不同，临床上常见的致病菌包括细菌、病毒、非典型致病菌等。细菌感染时主要给予抗生素治疗，如头孢类抗生素，包括头孢哌酮、头孢西丁等，青霉素类抗生素以及喹诺酮类抗生素都可以治疗肺炎、病毒性肺炎感染，病毒性肺炎常见是流感病毒肺炎、新冠病毒肺炎、巨细胞病毒肺炎。如果是流感病毒感染，可以给予奥司他韦。
新型冠状病毒感染目前没有特效的抗病毒药，巨细胞病毒肺炎可以静点更昔洛韦。非典型致病菌肺炎常见的是支原体肺炎、军团菌肺炎等，可以用大环内酯类抗生素，如阿奇霉素、红霉素等或喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星、莫西沙星等。此外，针对肺炎还需要给对症的治疗的药物，比如退热药、化痰药等。
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