新生儿肺动脉高压的治疗根据引起肺高压的原发病不一样，选择治疗的方法也不一样。如果是由肺血管或者心脏先天畸形导致的肺高压，就要经过外科医生来进行干预，如肺动脉闭锁、狭窄或者肺动脉瓣狭窄等。
如果是其他内科疾病继发性的因素导致肺高压，如肺部炎症或者新生儿肺透明膜病变等引起继发性的肺高压，除了治疗相应的原发病之外，可以用降肺压的药物进行，如硫酸镁、米力农以及西地那非等，但这些药物的治疗必须要有指证，治疗的过程中要动态监测新生儿血压，同时要动态监测体循环压和肺动脉压，尤其是伴有动脉导管开放时，以防肺压过度降低引起体循环血容量不足，而发生休克。
