小肠镜是专门用于检查小肠部位疾病的一种检查手段，是通过带有气囊的内窥镜进行小肠方面的检查，因为小肠长度大约有5-6米，普通的内窥镜很难完成小肠的检查。双气囊小肠镜或者是单气囊小肠镜是通过气囊辅佐的情况下，将小肠肠管逐步套在内窥镜上，缓慢推动内窥镜，从而完成全小肠的检查。
小肠镜检查在术前需要口服清肠的药物，同时要禁食，将全消化道清洁干净之后，在静脉麻醉的情况下完成检查。一般可以先通过口腔进镜检查空肠，用美兰在肠壁进行标记，然后再从肛门进镜，完成回肠的检查，如果能到达美兰标记的部位，就完成了全小肠的检查。小肠镜的检查主要是针对于不明原因的腹痛、消化道出血、不全的肠梗阻，以及考虑小肠病变的一些疾病。
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